由于骨髓移植过程中病人要接受大剂量的化疗和高强度的放疗，这些治疗引起的毒性反应通常很严重。另外，植入的骨髓在发挥正常功能之前，病人的造血系统和免疫系统一直处于抑制状态，骨髓功能的重建通常需要一个月时间，数月后病人才能恢复免疫功能，所以在病人的整个骨髓移植过程中可能会出现以下并发症：

（1）化疗及放疗的毒性作用：开始时发生急性毒性反应，包括恶心、呕吐、发热、出血性膀胱炎、口腔粘膜炎等，移植1～4个月后部分病人因肝内静脉闭塞性病变引起腹水、肝脏肿大，在30～90天之间，部分病人会出现间质性肺炎。后期并发症包括儿童生长迟缓、无精子症、卵巢功能衰竭和甲状腺功能减低、白内障等。

（2）移植失败：由于种种原因植入的骨髓在病人体内不能存活。

（3）移植物抗宿主病：由于HLA配型不完全相同，急性移植物抗宿主病发生在移植后3个月内，主要表现为皮肤红斑样斑丘疹、腹泻、肝脏病变（胆红素、转氨酶及碱性磷酸酶水平升高）。在移植6个月后发生的是慢性移植物抗宿主病，主要的临床表现为颊部红斑、硬皮病样改变、关节炎、细支气管炎、阻管退行性病变及胆汁淤积等。

（4）感染：在整个移植期间，由于造血系统和免疫系统的被抑制，加之各种免疫抑制剂的应用，病人常常会发生各种严重的感染。